该成语源于清代《白雪遗音·马头调·雷峰塔》，其中写道：“金山寺里法海一见许仙，面带妖色，不放下山。怒恼白蛇，忙唤青儿，带领着虾兵蟹将，这才水漫金山。”这段故事讲的是：
在金山寺内，法海和尚一眼瞥见许仙，发现他面露妖气，于是决定将他困于寺内，不让其下山。白蛇娘子与许仙的情深意重，带领小青蛇来寻找丈夫，不想却被法海阻拦。无奈之下，白蛇娘子只能与法海展开斗法，白娘子引水淹没了金山寺，法海召唤天兵天将来对抗白蛇，最终将白蛇压在雷峰塔下。
后来，成语“水漫金山”流传开来，也作“水满金山”。原本是指白蛇娘子与法海斗法时，她施展的一种引江水淹没金山的法术，后形容大水泛滥的情景。